Клуб Лилль был основан в 1944 году в результате слияния двух клубов: L'Olympique Lillois и Sporting Club de Fives.
Наибольшего успеха клуб добился в 40-е и 50-е годы. В этот период Лилль выиграл два титула чемпиона Франции и пять Кубков Франции. Однако в следующие годы клуб начал испытывать серьезные финансовые трудности, из-за чего был вынужден продать нескольких игроков, таких как Леметр, Лефевр или Жан Винсент (перешел в Реймс за 19 миллионов франков). Однако вскоре клуб переходит в третий дивизион. В 1970 году клуб переходит во второй дивизион, однако его финансовое положение продолжает оставаться нестабильным. В помощь клубу были организованы товарищеские встречи с участием французских и иностранных клубов.
В конце 90-х годов благодаря новой финансовой политике Лилль смог улучшить свое положение.
В 2004 году Лилль завершает чемпионат на 10 месте и квалифицируется на Кубок Интертото, который он выигрывает. В следующем сезоне клуб участвует в Кубке УЕФА и доходит до 1/8 финала. В сезоне 2004/2005 Лилль, завершив чемпионат на втором месте, получает право участвовать в Лиге чемпионов. Лилль одерживает победу над клубом Манчестер Юнайтед со счетом 1-0 на Стад де Франс.
В сезоне 2006/2007 Лилль вновь выступает в Лиге чемпионов.

Обладатель Кубка Интертото 2004
Чемпион Франции Лига 1 1945/1946, 1953/1954
Чемпион Франции Лига 2 1963/1964, 1971, 1973/1974, 1977/1978, 1999/2000
Обладатель Кубка Франции 1945/1946, 1946/1947, 1947/1948, 1952/1953, 1954/1955